Dans le logiciel Rastop, ouvrir une nouvelle molécule qui doit être un ".pdb" (protein data bank)
Résultat : affichage de l'hémoglobine (ici, seules 2 chaînes sur 4 sont affichées)
Dans le logiciel Rastop, ouvrir une nouvelle molécule qui doit être un ".pdb" (protein data bank) |
|
|
|
|
Résultat : affichage de l'hémoglobine (ici, seules 2 chaînes sur 4 sont affichées) |
|
Changer la visualisation : "atomes" puis "colorer par" puis faire le choix du type de coloration (exemple : "par chaîne") |
|
Résultat : les deux chaînes de l'hémoglobine apparaissent distinctement. On aperçoit les hèmes. |
|
Pour modifier la couleur d'une chaîne, d'un groupe ou même d'un seul atome, il faut préalablement faire apparaître la palette de couleurs : "Fenêtres" "Palette". |
|
Résultat |
|
Sélectionner un élément en vue de changer sa couleur : on peut sélectionner un "élément", "une chaîne" voire même un seul atome. |
 |
 |
|
Quand l'élément a été sélectionné, il faut confirmer la sélection en cliquant sur l'icône associée "nouvelle sélection". |
 |
Résultat : après avoir sélectionner les hèmes puis confirmé leur sélection, on clique sur la palette de couleur (ici en rouge pour les distinguer des chaînes). |
|
Changer le mode de représentation d'une chaîne (en ruban, squelette carboné, etc...) : Il faut reprendre le même cheminement que précédemment : sélectionner une chaîne, confirmer la sélection puis choisir un mode de représentation (icônes en bleu dans la barre de tâches. |
 |
Résultat après avoir sélectionné une seule des deux chaînes et avoir adopté la représentation en rubans. |
|
A partir de la représentation en ruban on peut encore modifier l'apparence de cette même chaîne déjà sélectionnée : "Rubans" "Type" puis choisir une représentation (ici, "Squelette carboné"). |
|
Résultat |
|
Choisir un élément particulier et le faire ressortir des chaînes : dans le menu déroulant "Elément", choisir un élément particulier comme une base azotée ou bien un acide aminé (ici choix des cystéines).Confirmer la sélection puis cliquer sur une couleur : ici la coloration rouge vif sur la chaîne indique la présence d'une cystéine (Résultat ci-dessous). |
|
 |
|
Pour mieux faire ressortir les cystéines déjà sélectionnées, on peut également changer leur mode de représentation (ici, choix d'une représentation en sphères). |
|
 |
|
Résultat : les cystéines des deux chaînes apparaissent sous la forme de sphères rouges au sein des deux chaînes. |
|
