Afficher une molécule en 3 dimensions avec le logiciel Rastop et modifier son mode de représentation

 

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Dans le logiciel Rastop, ouvrir une nouvelle molécule qui doit être un ".pdb" (protein data bank)

Résultat : affichage de l'hémoglobine (ici, seules 2 chaînes sur 4 sont affichées)

 

 

Changer la visualisation : "atomes" puis "colorer par" puis faire le choix du type de coloration (exemple : "par chaîne")

Résultat : les deux chaînes de l'hémoglobine apparaissent distinctement. On aperçoit les hèmes.

 

Pour modifier la couleur d'une chaîne, d'un groupe ou même d'un seul atome, il faut préalablement faire apparaître la palette de couleurs : "Fenêtres" "Palette".

Résultat

 

 

Sélectionner un élément en vue de changer sa couleur : on peut sélectionner un "élément", "une chaîne" voire même un seul atome.

Quand l'élément a été sélectionné, il faut confirmer la sélection en cliquant sur l'icône associée "nouvelle sélection".

 

Résultat : après avoir sélectionner les hèmes puis confirmé leur sélection, on clique sur la palette de couleur (ici en rouge pour les distinguer des chaînes).

 

Changer le mode de représentation d'une chaîne (en ruban, squelette carboné, etc...) : Il faut reprendre le même cheminement que précédemment : sélectionner une chaîne, confirmer la sélection puis choisir un mode de représentation (icônes en bleu dans la barre de tâches.

Résultat après avoir sélectionné une seule des deux chaînes et avoir adopté la représentation en rubans.

A partir de la représentation en ruban on peut encore modifier l'apparence de cette même chaîne déjà sélectionnée : "Rubans" "Type" puis choisir une représentation (ici, "Squelette carboné").

Résultat

 

 

Choisir un élément particulier et le faire ressortir des chaînes : dans le menu déroulant "Elément", choisir un élément particulier comme une base azotée ou bien un acide aminé (ici choix des cystéines).

Confirmer la sélection puis cliquer sur une couleur : ici la coloration rouge vif sur la chaîne indique la présence d'une cystéine (Résultat ci-dessous).

Pour mieux faire ressortir les cystéines déjà sélectionnées, on peut également changer leur mode de représentation (ici, choix d'une représentation en sphères).

Résultat : les cystéines des deux chaînes apparaissent sous la forme de sphères rouges au sein des deux chaînes.

 

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